Il principale e unico scalo ferroviario della città è una stazione di testa, capolinea dei collegamenti verso Venezia, Udine e Vienna.
Il primo treno arrivò a Trieste il 27 luglio 1857 con a bordo Francesco Giuseppe. L’imperatore austriaco inaugurò la nuova linea ferroviaria, la meridionale, che congiungeva  Trieste a Lubiana, dove era già attiva la linea diretta a Vienna e Zagabria.
La prima stazione fu sostituita alcuni decenni dopo dalla seconda il 19 giugno 1878. Quest’ultima presentava il vantaggio di essere posta ad un livello più basso, corrispondente a quello delle rive, dove approdavano le navi mercantili. Negli anni seguenti la stazione fu modificata più volte: fu asportata la copertura metallica durante la II Guerra Mondiale, nel 1954, quando Trieste fu restituita all'Italia, i binari furono arretrati e la biglietteria cambiò posto. 
L'allestimento attuale è frutto di un recente restauro, dal 2005 al 2007, ora la stazione ospita al suo interno vari esercizi commerciali.

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